IChip : une nouvelle approche pour la découverte de nouveaux antibiotiques ?

Les antibiotiques ont révolutionné la médecine moderne, en apportant une avancée majeure dans les soins de santé et l'amélioration de l'espérance de vie. Cependant, le taux d'émergence de résistances augmente à un rythme alarmant, plus rapide que la découverte de nouveaux composés antibiotiques. De nombreuses approches ont été utilisées pour découvrir de nouveaux antimicrobiens et diminuer ce problème, notamment la culture en boite de pétri, l’isolement en chambre de diffusion in situ et la coculture. Néanmoins, ces techniques étaient insuffisantes ce qui a poussé les scientifiques vers leur amélioration et vers l’innovation de nouvelles méthodes d’isolement des bactéries. Une puce d’isolement appelée IChip a été créée. Ce dispositif est constitué de micro-chambres chargées de gélose contenant des cellules bactériennes et scellées par des membranes semi-perméables. Ces dernières vont permettre la diffusion des nutriments et facteurs de croissance nécessaires pour les bactéries. L’incubation de l’IChip se fait in situ, dans le milieu naturel de la bactérie. Cette méthode a permis l’exploration de nouveaux réservoirs microbiens (milieu marin, sol …), la découverte de nombreuses nouvelles souches et l’isolement de métabolites avec une potentielle activité antibiotique, antifongique, antitumorale ou encore antivirale. En effet, l’isolement des bactéries Eleftheria terrae, Hahella chejuensis et Lentzea kentuckyensis a conduit à la découverte de la teixobactine, de la prodigiosine et de la lassomycine, respectivement. Malheureusement, aucun de ces antibiotiques n’est sur le marché. De plus, le taux d’extraction des bactéries reste faible si l’IChip n’est pas couplée à d’autres méthodes d’isolement (la co-culture...), de tri cellulaire (la FACS : tri de cellules marquées par fluorescence), et/ou d’exploration génomique (la PCR : réaction de polymérisation en chaine). Ces techniques vont permettre l’enrichissement des isolats et l’obtention d’une culture monospécifique.