Caractérisation de la résistance de Zymoseptoria tritici aux Inhibiteurs de la déméthylation dans la population belge

La septoriose, causée par l’agent pathogène Zymoseptoria tritici, est une maladie fongique causant chaque année des pertes de rendement non négligeables d’une des céréales les plus cultivées au monde, le blé. Aujourd’hui, le contrôle de ce champignon repose principalement sur l’application de fongicides à des stades de croissance spécifiques de la plante. Plusieurs familles de fongicides existent pour lutter contre la maladie, cependant le potentiel évolutif important de l’espèce lié à sa grande capacité de reproduction asexuée et sexuée et de dissémination ont induit une perte totale de l’efficacité de la plupart d’entre elles. Ceci est le cas notamment pour les strobilurines (QoIs) et les dérivés de benzimidazole (MBCs) où des modifications alléliques, affectant le/les site(s) d’action des fongicides, ont conduit à l’apparition de souches fortement résistantes face à ces produits. Depuis plusieurs décennies, les inhibiteurs de la déméthylation (DMIs), sont incontournables dans la protection des cultures de blé. La large gamme de substances actives de cette famille permet à celle-ci de conserver une efficacité correcte en champ. En effet, malgré la découverte de multiples mutations au sein du gène cible, le gène CYP51, aucune souche complètement résistante n’a été détectée pour le moment. En revanche, de plus en plus d’études montrent une hausse du nombre de souches faiblement à moyennement résistantes face aux divers DMIs employés en Belgique et dans d’autres pays européens. Le nombre de génotypes différents a également augmenté avec une tendance plus grande des souches à porter plusieurs mutations à la fois au sein de leur gène CYP51. Notre étude s’est concentrée sur l’évolution de la sensibilité de populations belges de Z. tritici face à deux DMIs, le tébuconazole et le prothioconazole, de 2008 à 2017. Les tests de sensibilité in vitro ont permis de mettre en évidence l’évolution significative de la résistance dans les populations belges de Z. tritici face au prothioconazole entre 2008 et 2017. Cela n’a pas été le cas pour le tébuconazole pour lequel il semblerait que le niveau de résistance face à cette matière active ait atteint une valeur limite au sein des populations belges de Z. tritici depuis 2008. Suite au séquençage du gène CYP51 de 27 souches, 11 mutations du gène CYP51 par rapport à une souche de référence sensible ont été révélées au cours de ce travail. Dix d’entre elles sont connues et tous les génotypes étudiés ont été associés à un profil phénotypique de résistance moyen (TriMR) avec la majorité des souches étant associées au phénotype TriR11/E4. La 11ème mutation R177C observée dans une souche belge de Z. tritici est rapportée pour la première fois à travers ce travail. Elle ne semble néanmoins pas être associée à un niveau de résistance élevé aux deux DMIs étudiés. Notre analyse sur la performance des traitements fongicides en champ réalisée dans ce mémoire soutient l’efficacité des schémas de traitement basés sur l’application de fongicides issus de familles différentes, comme l’association de l’époxiconazole (DMI) à du fluxapyroxad (SDHI). Nos résultats confirment que le choix des matières actives sur le changement de comportement de Z. tritici ainsi que leurs moments d’application et leurs doses sont des facteurs primordiaux dans la lutte contre la septoriose et nécessitent davantage une attention particulière à l’avenir. L’impact du niveau de résistance d’une souche de Z. tritici sur sa valeur sélective, étudié dans la troisième partie de ce travail, n’a pas pu clairement être mis en évidence. Nos observations soulignent cependant l’importance du choix variétal dans la lutte contre la septoriose. Les résultats présentés dans ce mémoire de fin d’études ont permis de mettre à jour la situation actuelle de la résistance de Z. tritici en Belgique aux DMIs et encouragent la poursuite des recherches relatives au sujet étudié et sur l’ensemble des familles chimiques de fongicides dans la perspective de développer des stratégies efficaces limitant le développement des résistances.