Étude de la diversité archéenne dans les salaisons, les fromages et les aliments à saumure

Suite à leur découverte dans les années 1950, de nombreuses archées ont depuis été isolées et il est désormais connu qu’elles représentent une part considérable de la biomasse microbienne terrestre. Elles sont répandues dans de nombreux écosystèmes et beaucoup sont capables de croitre dans conditions extrêmes de température, pH, pression ou salinité. Les environnements extrêmement salés ont de ce fait montré une importante variété de genres et espèces d’archées halophiles. Une précédente étude du laboratoire a, en outre, dénombré une forte charge en archées dans certains sels alimentaires. Au-delà de son action antimicrobienne, le salage apporterait donc une nouvelle flore sur l’aliment. L’objectif de ce mémoire a donc été d’étudier la diversité en archées dans différentes matrices alimentaires salées et ce, au travers d’une approche culture-dépendante sur milieux spécifiques et d’une approche culture-indépendante par métagénomique. La première approche culture-dépendante a permis d’isoler et d’identifier 22 colonies d’archées halophiles au départ de gros sels alimentaires. Aucune archée n’a en revanche été trouvée parmi 133 colonies isolées des différentes matrices alimentaires. Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer ce résultat. Les méthodes de fabrication ainsi que la méthode de salage pourraient avoir un impact sur leur survie. De plus, les conditions de culture utilisées pourraient aussi être trop sélectives et ne pas permettre la croissance de toutes les archées halophiles. Néanmoins, 32 isolats bactériens halophiles et halotolérants ont été identifiés parmi les 133 colonies isolées des différentes matrices. Une telle flore peut donc effectivement survivre au sein de ces dernières et certaines souches proviendraient notamment du sel de salage. Nombre de ces bactéries ont en plus déjà été isolées de plats asiatiques fortement salés dans lesquels certaines archées ont été découvertes. Les conditions au sein des matrices salées sont donc potentiellement adéquates pour la croissance des archées. La deuxième approche culture-indépendante n’a pas permis de mettre en avant de l’ADN d’archées au sein des matrices alimentaires. Ce résultat est expliqué en partie par la faible qualité et quantité de l’ADN collecté lors des extractions. Le choix des kits d’extraction et des amorces doit être revu suite à la grande variabilité des résultats. Suite aux différents résultats obtenus, et malgré le fait qu’aucune n’ait été retrouvée, tout porte à croire que la présence d’archées au sein de certaines matrices alimentaires salées reste fortement probable. Et ceci relance donc la question de leur destinée et leur impact dans le système digestif qui n’est, à l’heure actuelle, pas encore connu.