Caractérisation de longs ARN non-codants liés à l’épuisement des lymphocytes T CD8+ intra-tumoraux

Le système immunitaire est capable de reconnaître et d’éliminer les cellules cancéreuses. Néanmoins, une perte graduelle des fonctions effectrices des lymphocytes T est observée lorsqu’ils sont chroniquement activés par les cellules cancéreuses. Ce processus est appelé “l'épuisement” et pourrait favoriser le développement de nombreux cancers. Mieux comprendre ce phénomène apparaît comme une approche pertinente pour améliorer les traitements d’immunothérapie, tels que les thérapies adoptives de lymphocytes T génétiquement modifiés. Le rôle des longs ARN non-codants (lncRNAs) n’a été que très peu étudié dans l’épuisement, en particulier chez l’Homme. Longtemps considérés comme un bruit de fond génomique sans fonction, on sait aujourd’hui que de nombreux lncRNAs jouent des rôles essentiels, notamment dans les fonctions effectrices des lymphocytes T CD8⁺. Le premier objectif de ce mémoire était de mettre au point une approche bio-informatique afin d’identifier des lncRNAs potentiellement impliqués dans l’épuisement des lymphocytes T CD8⁺ intra-tumoraux. Nous avons mis au point une approche combinant l’analyse des lncRNAs différentiellement exprimés et l’analyse des réseaux de gènes co-exprimés. Cette analyse permet d’identifier des lncRNAs liés à un phénomène d’intérêt, tout en caractérisant leurs fonctions potentielles par l’analyse des gènes codants qui y sont co-exprimés. Au terme de cette analyse, une dizaine de lncRNAs ont été identifiés. Parmi eux, XXX a été choisi pour être étudié plus en profondeur. L’objectif secondaire de mon mémoire était de mettre au point une méthode de caractérisation fonctionnelle de ces lncRNAs. L’électroporation de petits ARN interférents a été testée dans des lymphocytes T CD8⁺ et s’est révélée décevante. Nous nous sommes alors tournés vers l’utilisation de GapmeR. Des expériences préliminaires ont montré que l'utilisation d'un GapmeR ciblant XXX a un effet sur la prolifération et la production d'IFNγ et de TNF𝛼 des lymphocytes T CD8⁺.