Etude fonctionnelle de CT-AGO1, un variant ''cancer-lignée germinale'' du gène Argonaute-1

L’hypométhylation de l’ADN dans les tumeurs conduit à l’activation aberrante de gènes qui sont normalement exprimés de manière spécifique dans les cellules germinales. Un des objectifs du laboratoire est de poursuivre l’identification et la caractérisation de ces gènes ‘‘cancer-lignée germinale’’. Récemment un nouveau gène de ce type a été identifié. Il s’agit de CT-AGO1, un transcrit alternatif du gène Argonaute-1 (AGO1) produisant des isoformes tronquées de la protéine AGO1. Les objectifs de ce mémoire étaient d’une part de déterminer si CT-AGO1 exerce des fonctions similaires à celles d’AGO1 dans la biogenèse de miARNs et l’interférence ARN, et d’autre part d’évaluer son impact sur la croissance cellulaire. Des expériences préalables au laboratoire avaient en effet montré que la transfection d’un siARN dirigé contre CT-AGO1 dans une lignée de sarcome (U2OS) qui exprime initialement ce transcrit, induisait un ralentissement de la croissance cellulaire. Par précaution, nous avons répété cette expérience dans une autre lignée de sarcome (LB23) qui n’exprime initialement pas CT-AGO1. De manière inattendue, nous avons également observé un ralentissement de croissance dans les cellules LB23, indiquant que l’impact du siARN reflète plus la conséquence d’une toxicité cellulaire systémique que l’inhibition spécifique de CT-AGO1. Pour contourner ce problème, nous avons recouru à la technique d’édition par CRISPR-Cas9 pour générer des populations et des clones cellulaires U2OS dans lesquels l’expression de CT-AGO1 était inhibée. Nous n’avons cependant pas observé d’effet de l’édition sur la croissance de ces cellules. Dans l’autre partie de ce mémoire, nous avons réalisé des expériences de co-immunoprécipitations suivies d’analyses par spectrométrie de masse, dans le but de comparer les partenaires protéiques d’AGO1 et de CT-AGO1. Les résultats indiquent qu’AGO1 et CT-AGO1 partagent un grand nombre d’intéractants, parmi lesquels on retrouve principalement des protéines impliquées dans les processus de biogenèse de miARNs. Ceci suggère donc que, malgré leur raccourcissement, les isoformes CT-AGO1 peuvent intervenir dans le processus d’interférence ARN.