Analyse de la reproductibilité de méthodes dérivées d’ASCA+ sur un design expérimental présentant une structure hiérarchique

Ce papier traite de l’utilisation de la méthodologie LIMM-PCA, dérivée des méthodes ASCA et de leur utilisation dans le secteur des données -omiques. Les données étant caractérisées par un design exérimental souvent multifactoriel et par une grande quantité de variables, ces méthodes alliant modélisation linéaire et réduction de dimension sont populaires dans ce secteur d’activité. Les concepts théoriques permettant la mise en oeuvre de ces méthodes y sont développés. Le développement de la méthodologie y est finalement exposé et un exemple d’utilisation est fourni dans le cadre d’un projet scientifique. Les résultats sont étoffés par l’analyse d’une variable univariée permettant également de représenter le problème d’intérêt. This paper adresses the use of the LIMM-PCA methodology, derived from ASCA methods and their use in the -omics field. These data (-omics) being often characterized by a multifactorial experimental design and a large amount of variables for a small amount of observations, these methods offer a combination of linear modelling and dimension reduction that are useful in this field. The theoretical concepts lying behind are developped, and the methodology is finally illustrated in the case of a scientific study. The results are contrasted with the analysis of an univariate variable also representing the problem of interest.