Polymérisation de filets protéiques autour de bactéries pathogènes

Ce mémoire porte sur la mise au point d’une cage protéique afin de capturer une bactérie pathogène. Cette idée novatrice s’inscrit dans une recherche d’alternatives aux antibiotiques. Pour ce faire, notre stratégie visait à ponter des PAMAM ensemble par l’intermédiaire de protéines de fusion. Ces protéines de fusion reposaient sur l’utilisation de nouveaux tags : HaloTag, Affitine et SpyTag/SpyCatcher. Ceux-ci avaient pour but de rendre le prototype de cage capable de reconnaître et de s’auto-assembler autour d’une bactérie cible. Le premier modèle de cage n’a pas abouti pas car le HaloTag et son ligand avaient des problèmes de réactivité. Il a permit néanmoins de valider l’interaction de l’Affitine avec sa protéine cible et le couplage SpyTag-SpyCatcher. La conception de la cage a donc dû être revue pour se passer du HaloTag et du PAMAM. Deux stratégies alternatives ont alors été mises sur pied : la première faisait appel à des nanoparticules d’or conjuguées avec SpyTag/SpyCatcher et la deuxième visait à obtenir des protéines SpyTag/SpyCatcher multivalentes. La premier alternative représente la méthode la plus aboutie avec l’obtention de protéines (SpyTag)2 et (SpyCatcher)2 divalente ainsi que des nanoparticules d’or fonctionnalisé SpyCatcher qui semblent induire une toxicité sur les bactéries. La deuxième alternative s’est limitée à l’obtention de la séquence d’une protéine (SpyTag)3 trivalente. Ce mémoire jette les bases d’un nouveau concept et permet de mieux comprendre les besoins de la trappe bactérienne, malgré le fait que le concept n’a toujours pas fait ses preuves et que ses effets restent inconnus sur les bactéries.