Identification des anti-récepteurs du phage Deep-Blue, pour une meilleure compréhension de son mécanisme d'adsorption

Les bactériophages sont des virus bactériens qui dépendent de la machinerie cellulaire de leurs hôtes pour leur développement. En considérant leurs propriétés anti-microbiennes, il n’est pas surprenant de constater un intérêt croissant pour leur application dans divers secteurs pour le contrôle et la détection de bactéries. La première étape de l’infection des phages est la phase d’adsorption. Elle repose sur l’interaction entre des récepteurs présents à la surface des bactéries et les anti- récepteurs (ou Receptor Binding Protein - RBP) du phage. C’est cette interaction qui définit, en partie, le spectre d’hôte des phages. La compréhension de l’étape d’adsorption est donc d’une importance primordiale pour le développement de technologies à base de phages. Le phage Deep-Blue est un phage à queue contractile de la famille des Myoviridae, infectant des membres du groupe Bacillus cereus. Une étude précédente a montré le caractère virulent de ce phage et son potentiel à être utilisé comme agent de bio-contrôle contre la bactérie pyschrotolérante Bacillus weihenstephanensis, dans l’industrie alimentaire. Ainsi, l’objectif de ce mémoire était d’identifier les RBPs du phage Deep-Blue, dans le but de mieux comprendre son mécanisme d’adsorption. À cette fin, trois protéines de la queue du phage Deep-Blue (gp177, gp181 et gp186) ont été sélectionnées comme candidats RBP , sur base de prédictions bio- informatiques. Des plasmides recombinants ont été produits pour les trois candidats par clonage moléculaire dans les vecteurs d’expression pET30 et pTYB21. Les constructions des RBPs ont été élaborées de manière à leur associer des « tag moléculaires », permettant soit leur purification (tag-histidines) soit leur reconnaissance via la fusion à une protéine fluorescente (tag-GFP). Les protéines recombinantes ont été exprimées dans des souches d’Escherichia coli. Les protéines recombinantes de gp181 et gp186 n’ont pu être obtenues que sous forme insoluble et les constructions dans pTYB21 n'ont pas pu être testées dû à des problèmes d'induction et de solubilité. Les protéines recombinantes de gp177 produites dans pET30 et obtenues sous forme soluble, ont été purifiées par affinité sur colonne Ni-NTA grâce à leur tag 6xHis. Le test d’adsorption de la construction de gp177-GFP a été réalisé sur des souches sensibles à Deep-Blue. Aucune interaction entre cette protéine recombinante et les bactéries n’a été observée au microscope à fluorescence. Un test de compétition a aussi été réalisé avec la protéine recombinante de gp177, mais sans la GFP. Les observations n’ont montré aucune interaction entre cette protéine et les cellules bactériennes hôtes de Deep-Blue. Au terme de ce travail, aucune observation n’a montré la présence d’interactions entre le candidat gp177 de Deep-Blue et son hôte bactérien, suggérant qu’il ne soit pas un anti-récepteur. L'expression des protéines recombinantes de gp181 et gp186 doit encore être optimisée afin de tester ces candidats comme étant les véritables RBP de Deep-Blue.